Arweiniwyd Y Gymdeithas Efengylaidd gan bwyllgor gweithredol sy’n gyfrifol am drefnu cynadleddau, cynnig cefnogaeth i aelodau ynysig, cysylltu â grwpiau Cristnogol eraill, cyfathrebu â’r aelodaeth a rhoi arweiniad ar faterion cyfoes arwyddocaol.
Cynnwys y pwyllgor yw cadeirydd, is-gadeirydd, ysgrifennydd, trysorydd, un neu dau o aelodau cyfetholedig, a dau gynrychiolydd o bob un o’r chwe esgobaeth Gymreig: un clerigwr ac un lleyg. Maent yn cwrdd pedair gwaith y flwyddyn yng nghanolbarth Cymru ar ddiwrnod gwaith.
Etholir y cadeirydd a’r is-gadeirydd yn flynyddol, ond nid ydynt yn cael gwasanaethu am fwy na phedair blynedd yn olynol. Mae cynrychiolwyr esgobaethol yn cael eu hethol am dair blynedd. Maent yn gallu cael eu hailethol am dair blynedd eto, ond ar ôl hynny, dylent gymryd o leiaf un flwyddyn bant.
Mae pob aelod o’r pwyllgor gweithredol yn ymddiriedolwr o’r gymdeithas, sy’n elusen gofrestredig.
Aelodau’r pwyllgor gweithredol
Cadeirydd: Parch. Samuel Patterson
Is-gadeirydd: Parch. Jeremy Bevan
Trysorydd: Parch. Martin Snellgrove
Ysgrifennydd: Parch. Melanie Prince
Ysgrifennydd aelodaeth: Hannah Wilkinson
Cynrychiolwyr Esgobaethol: Parch. James Griffiths (Llandaf, clerigol), Hybarch. Andy Grimwood (Llanelwy, clerigol), Parch. Paul Pritchard (Tŷddewi, clerigol)